Габибулла Гусейнов родился 10 октября 1910 года в городе Ардебиль (ныне — Иран) в рабочей семье. Азербайджанец. Работал грузчиком в Бакинском порту, учеником слесаря на Заводе имени лейтенанта Шмидта (Баку), окончил семь классов вечерней школы рабочей молодёжи.

В 1928 году Гусейнов был направлен на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию по путёвке комсомола. В 1932 году он окончил артиллерийское отделение Закавказской пехотной школы, в том же году — курсы усовершенствования командиров зенитной артиллерии в Баку. Несколько позднее, в 1934 году окончил курсы усовершенствования командного состава зенитной артиллерии в Евпатории. Служил на различных командных должностях в артиллерийских частях Кавказской Краснознамённой армии: командир взвода 193-го артиллерийского полка, с апреля 1934 — командир батареи 190-го зенитного артиллерийского полка, с сентября 1934 — командир батареи, адъютант старший и командир дивизиона в 193-м артиллерийском полку.

В 1938 году арестован органами НКВД СССР по обвинению в шпионаже в пользу Ирана, уволен из РККА. Однако в конце того же года освобождён и восстановлен в армии.

В мае 1939 года направлен в Белорусский Особый военный округ, где назначен командиром дивизиона 188-го зенитного артиллерийского полка (Минск), с февраля 1940 года — командир 312-го отдельного зенитно-артиллерийского дивизиона 13-й стрелковой дивизии (Замбрув).

Великая Отечественная война

С 22 июня 1941 года — на фронтах Великой Отечественной войны. Участвовал в Белостокско-Минском сражении на территории Белорусской ССР. В первые дни войны дивизион под его командованием сбил 2 немецких самолёта, затем участвовал в боях с пехотой и танками врага. После выхода из окружения дивизион был пополнен людьми и техникой, передан в состав Калининского бригадного района ПВО. При отражении авиа налёта на станцию Лихославль 30 сентября 1941 года был ранен. После выздоровления во главе дивизиона участвовал в битве за Москву (Калининская оборонительная и Калининская наступательная операции). В феврале 1942 года дивизион передан в Рыбинско-Ярославский дивизионный район ПВО. С июня 1942 года — командир 38-го отдельного дивизиона в том же  районе ПВО (г. Иваново), с октября 1942 — командир 658-го зенитно-артиллерийского полка Московского фронта ПВО (Кунцево).

В декабре 1942 года прибыл с полком на Юго-Западный фронт и был передан в 1-ю гвардейскую армию. В Среднедонской наступательной операции умело прикрывал с воздуха наступавшие танковые корпуса фронта (за время операции полком сбит 21 самолёт врага), а когда зенитчики попали в окружение у станицы Тацинская, то отбили 3 немецкие атаки, уничтожив 3 танка и до 120 человек пехоты. За эту операцию награждён своим первым орденом.

Затем во главе полка участвовал в Миллерово-Ворошиловградской наступательной, Харьковской оборонительной операциях, а в период затишья на фронте прикрывал части Юго-Западного фронта. За первое полугодие 1943 года полк под его командованием сбил 12 немецких самолётов. Сам же командир полка в бою 10 февраля 1943 года был ранен вторично и вскоре получил свой второй орден Красного Знамени.